书画研究所研究重点为故宫博物院的藏品和散佚在世界各地的清宫旧藏，其中包括中国历代书法、绘画、碑帖等；陶瓷研究所下设“故宫博物院古陶瓷检测研究实验室”、“故宫博物院古陶瓷资料观摩室”及“古陶瓷专题陈列室”，开展对古陶瓷保管、修复和复制技术等的科学研究；明清宫廷历史档案研究所近期科研规划方案：完成《清代宫廷典章制度研究》丛书一期项目中的仪典制度、皇嗣制度、舆服制度、文书制度、宫苑制度、禁卫制度、陵寝制度、巡守制度共8卷本等；藏传佛教文物研究所，继续对故宫的藏传佛教文物开展研究，对于宫廷藏传佛教发展史、文物、佛堂和经典文献继续强化基础研究，加强对于故宫的藏传佛教史和艺术史的研究、扩大田野工作和西藏寺庙文物保护数字化工作等；中国画法研究所以故宫博物院书画部和文保科技部为依托，开展国内外有关中国画法方面的学术研究和学术交流活动；中外文化交流研究所是文化部系统成立的第一家专门研究中外文化交流的学术机构，近中期（2016-2020年）的主要研究工作为：就西洋传教士画家在明清宫廷的科技文化活动进行梳理和研究，与国外高校联合举办相关的学术研讨会等。