元朝时，制墨业的发展受到抑制，和宋代相比并没有太多的艺术创新。徽州仍是传统的制墨中心。随着油烟墨产量的快速增长，松烟墨开始渐渐被油烟墨取代。在制墨工艺上，工匠们除了追求精湛的墨艺之外，也更注重墨的艺术性。元代陆友所著《墨史》是研究制墨史的一本重要著作。

　　明代出现了规模较大的制墨作坊，制墨产业规模化、正规化，墨品的产量和质量得到提高，品种较前代有很大的提升，也促进了制墨品牌的形成。当时开墨坊、墨店的人增多，在流派上出现了“歙派”和“休宁派”。“歙派”以歙县的罗小华、程君房、方于鲁等为代表，制墨风格富丽堂皇、追求高古。“休宁派”以休宁的汪中山、邵格之为主将，制墨风格质朴，注重实用。

　　明中期以后，随着资本主义商品经济萌芽的出现，墨进入商品流通领域，徽墨生产百花齐放，装饰性极强的集锦墨开始出现。集锦墨出现于明嘉靖时期，首创者为汪中山。集锦墨装饰华美，构思奇巧，具有很强的观赏价值。

　　明代是中国制墨史上人才辈出的黄金时期，许多制墨家不仅留下了传世之墨，更将自己的制墨经验心得，通过墨谱的形式传之后代，对后世制墨家产生巨大影响。如沈继孙《墨法集要》、程君房《程式墨苑》、方瑞生《墨海》、方于鲁的《方式墨谱》、万寿祺《墨表》等。

　　明代宋应星著的《天工开物》一书卷十六《丹青》篇的“墨”章中，对用油烟、松烟制墨的方法亦有详细的叙述。

　　清代制墨业更加多元完善，墨在数量、质量、工艺技术、装饰、品相等方面均远超明代。徽墨出现了曹素功、汪近圣、王节庵、胡开文等代表人物。

　　清代除了生产实用墨外，还生产观赏墨、彩墨、药墨等品种。清中期，集实用与艺术价值于一体的御墨得到发展，乾隆年间御墨的制作工艺更是达到炉火纯青的境界。文人订制收藏墨也成为雅事和时尚，留下了不少文化逸事。

　　同时，墨汁的出现，成为制墨史上的一次革新。清末，制墨工匠谢崧岱、谢崧梁借鉴传统制墨的工艺和配方，创制了使用方便、易储存的液体墨汁，并在北京开设了专营墨汁的作坊“一得阁”。

　　晚清同治年间至1949年以前，由于时局不稳，整个制墨行业遭到惨痛打击。太平天国运动之后，西方洋烟（工业炭黑）进入中国，冲击了古老的造墨方法，加上水笔的应用，墨制发生了极大的变化。很多墨庄纷纷采用价格低廉的洋烟作为制墨原料，导致全国整体制墨行业的墨品严重下降。同时，墨汁的制造占了统治地位，只少数墨工如曹素功子孙及胡开文子孙还保持着传统的制墨法，传统墨反而比以往任何时候都要珍贵了。但这些墨工也生产一般人用得起的各种档次的墨，并且也都应用传统方法生产墨汁，如曹素功、一得阁等。

　　中华人民共和国成立后，上海、歙县、屯溪、绩溪、休宁等地又恢复了传统的制墨工艺。