1931年，日本发动九一八事变，侵占中国东北，北平也危在旦夕。面对迫在眉睫的战争威胁，故宫博物院理事们提出了将文物南迁的计划。这一决定引发了巨大的争议。最终，在国民政府行政院的批准下，南迁计划得以实施。

　　故宫工作人员夜以继日地对包括书画、青铜器、瓷器、玉器、古籍善本在内的近两万箱文物进行精心挑选、编号、打包。1933年2月5日深夜，第一批文物从故宫午门运出，在军队护卫下秘密运往前门火车站。文物分五批（另一说为四批）南运，主要路线是通过铁路运往上海。随后，南京朝天宫文物库房建成后，大部分文物又转运至南京。

　　抗日战争全面爆发后，南京也不再安全。刚刚安顿下来的文物被迫再次分三路向中国内陆大后方疏散。北路：从南京出发，经徐州、郑州、西安，运至宝鸡，后因战事吃紧，又翻越秦岭，运抵汉中、成都，最终存放在四川峨眉；中路：走水路，从南京经汉口、宜昌、重庆，最终存放在四川乐山安谷镇。这条路线最为艰险，经历了三峡的急流险滩和日军的轰炸；南路：主要是最精华的文物，从南京经长沙、贵阳，最终存放在贵州安顺（后转入四川巴县）。

　　迁徙路上，条件极其艰苦。文物存放在各地的祠堂、庙宇、山洞里。工作人员不仅要防范日军空袭、土匪抢劫，还要与潮湿、白蚁、鼠患等自然因素作斗争。他们像守护自己的孩子一样守护着这些国宝。

　　1945年日本投降后，三路文物先集中到重庆，于1947年全部运回南京朝天宫库房。正当准备将文物北返故都时，解放战争爆发。1948年底至1949年初，国民党政府从南京库房中挑选了部分最精华的文物分三批运往台湾，成了今天台北故宫博物院的馆藏主体。

　　留在南京的大部分文物，在中华人民共和国成立后，一部分回到了北京故宫，一部分留在了南京博物院（即故宫博物院南京分院）。