1993年，浙江美术学院正式更名为中国美术学院。1996年，张远帆出任版画系主任、陈海燕任副主任。2000年至2003年之间，版画系随学院整体搬迁至滨江过度，2003年回迁至南山路原址新校区。

　　在张远帆的主持下，版画系的教学建设轨迹，一方面遵循“立足本土、直面周遭”的固有学术理念，秉持“求真务实”的学术态度；一方面在“改革开放、解放思想”的时代背景影响下，尊重造型艺术和版画创作的本体规律，注重对个体意识和艺术个性的培养，鼓励开放、融合与创新。同时持续进行教学改革，不断探索适合版画专业的基础教学，于1997年开设了“乔因”课程；深化原有的“版种课程”，分别于2003年、2007年将“综合版画”与“木版水印”课程纳入“版种选修”；2008年，由张远帆主持的“水印版画课程教学改革”项目获得了学院“教学成果一等奖”；2010年，方利民主持的“水印版画”获“浙江省级精品课程”的立项。同时，为探索在现代数码媒介条件下的版画教学之路，2001年开设了“数码图形图像处理”课程，2011年更名为“数码版画”。

　　2003年7月，学院成立造型基础教学部，开始实行两段制教学模式，版画系教师安滨调任造型基础教学部主任。同时，按照学院统一部署，版画系开始实行“教学工作室”与“实验工作室”交叠模式下的专业教学制度。根据版画系教学的历史传承与新时期境遇，在系主任张远帆的主导下，划分出侧重点和发展方向有所区别的基本板块：其一，是侧重于以中、外版画以及版画系本身创作与教学积累为资源的，侧重于“接续式”研究与挖掘的“传统资源”板块，并在此基础上形成了“民族性版画工作室”和“写实性版画工作室”；其二，是侧重于以版画本体语言与特性为出发点的，以开拓、综合为研究特色的“外延拓展”板块，在此基础上形成“表现性版画工作室”和“复合性版画工作室”。而原先的各版种工作室，作为各“教学工作室”共同的专业与技术支持平台，统一更名为“实验工作室”。

　　同时，根据版画专业创作及教学的特有规律，将版画系的本科课程划分为“系部统筹课程”与“工作室自主课程”两大部分。“系部统筹课程”设置有造型基础、创作基础、版种技法普修、数字图形图像、版种技法选修等，作为版画专业的共同基础课程面向全系本科二、三年级学生；“教学工作室自主课程”设置有专题研究、社会实践、创作训练、毕业创作、论文撰写等，由各教学工作室面向本工作室学生自主开设。自此，四个教学工作室，既立足于版画系本有的优势资源，也应对着当代艺术教育与创作的发展趋势，在注重通用基础与多元发展间合理关系的基础上，展开了学术目标和教学内容各有侧重与各具特色的自主教学。